Genetické metody vazbové analýzy

Vazba je jednou z výjimek z Mendelovských zákonů. Jednotlivé lokusy jsou na chromosomech uspořádány lineárně za sebou a každý chromosom tvoří vazebnou skupinu, tzn. geny na něm se dědí společně. Vazba může být úplná (nedochází k rekombinaci), anebo neúplná (max. 50 cM), kdy může docházet k rekombinaci s pravděpodobností, kterou můžeme vyjádřit pomocí rekombinačního zlomku. Vazba je v genetice využívána v mapování či diagnostice.

Obsah 1 Genetické mapování 2 Nepřímá DNA diagnostika 3 Vazebná nerovnováha 4 Odkazy 4.1 Použitá literatura

upravit Genetické mapování

• pomocí vazby můžeme zjistit, kde se nachází určitý gen
• pokud vzniká méně rekombinantů než non-rekombinantů, nebo žádní rekombinanti nevznikají (poměr zpětného křížení AaBb x aabb není 1:1:1:1), pak můžeme předpokládat, že se daný gen A nachází poblíž markeru B → přesná poloha pak musí být určena pozičním klonováním
• tříbodový pokus: Máme lokus A, B a C. Známe pozici lokusů A a C. Chceme zjistit B. Pokud se B nachází mezi A a C, pak k rekombinaci mezi A a B dochází s pravděpodobností x, k rekombinaci mezi B a C s pravděpodobností y. Pravděpodobnost dvojité rekombinace (tj. mezi A a B i mezi B a C) je podstatně nižší a je rovna součinu pravděpodobností x a y. Správné pořadí lokusů A, B a C tedy stanovíme pomocí dvojitých rekombinantů, kterých musí být nejméně.
• Ve skutečnosti je dvojitých rekombinantů ještě o něco méně než by odpovídalo výpočtu. To vysvětluje jev, kterému se říká interference. Interference znamená, že výskyt jednoho crossing-overu negativně ovlivňuje výskyt druhého crossing overu hned vedle.
• Koeficient interference udává procento inhibovaných očekávaných rekombinací a spočítá se jako i = 1 - (pozorovaný podíl dvojitých rekombinantů/očekávaná pravděpodobnost dvojité rekombinace)
• Koeficient koincidence vyjadřuje procento vytvořených dvojitých rekombinací ze všech očekávaných. Můžeme jej spočítat jako coc = (pozorovaný podíl dvojitých rekombinantů/očekávaná pravděpodobnost dvojité rekombinace)

upravit Nepřímá DNA diagnostika

• známe gen odpovědný za onemocnění, ale neznáme přesnou mutaci nebo za dané onemocnění může být odpovědných více různých mutací
• proto využíváme markeru ve vazbě
• musíme vyšetřit více členů rodiny, z nichž alespoň dva musí být nemocní
• nevýhodou je, že u každé rodiny může být s nemocí ve vazbě jiná alela markeru a rodina nemusí být informativní
• pravděpodobnost, že dojde k rekombinaci, snižuje přesnost výsledku (např. pravděpodobnost rekombinace jsou 2cM, pak jistota vyšetření je 98%)
• 100% jistota je při použití intragenové sondy

upravit Vazebná nerovnováha

• některé alely se vyskytují v souvislosti s některými onemocněními častěji, ačkoliv s nimi nesouvisí
• např. Bechtěrevova choroba (ankylozující spondylitida) je často ve vazbě s HLA-B27. Je to nejspíš zapříčiněnou podobností mezi patogenem a tímto antigenem, takže se proti němu potom organismus méně brání.
• např. adrenogenitální syndrom bývá ve vazbě s HLA-B47. Tento AR syndrom je způsoben defektem 21-hydroxylázy, která se nachází ve skupině genů HLA III. třídy. Lokus pro 21-hydroxylázu a pro HLA-B47 jsou tedy oba na krátkém raménku 6. chromosomu, a to ve vzdálenosti 2 až 3 cM. Pravděpodobnost rekombinace je tu tedy malá. Svou roli při výskytu této vazebné nerovnováhy pravděpodobně hraje efekt zakladatele.

upravit Odkazy

upravit Použitá literatura

• OTOVÁ, Berta. Lékařská biologie a genetika, 1.díl. 1. vydání. Praha : Karolinum, 2008. 123 s. sv. 1. ISBN 978-80-246-1594-3.