Heteroduplexová analýza

Analýza heteroduplexů je metoda příbuzná DGGE. Vzorek se smísí s referenční DNA, denaturuje se a pak se nechá opět hybridizovat. Pokud se sekvence referenční DNA liší od vzorku, vzniknou kromě původních homoduplexů i smíšené molekuly tvořené jedním řetězcem ze vzorku a jedním z referenční DNA. Protože takové heteroduplexy obsahují nekomplementární úsek bez vodíkových můstků, budou se při elektroforéze na denaturačním gelu rozpadat podstatně dříve.

Jinou možností je štěpení heteroduplexů v místě nekomplementarity. To je možné chemicky nebo, spolehlivěji, enzymaticky (např. T4 endonukleasou VII nebo T7 endonukleázou I). Tento přístup se označuje jako enzyme mismatch cleavage (EMC). Uvádí se, že účinnost dosahuje 90 %.