Nepřímá diagnostika dědičných chorob analýzou NK

• je známa lokalizace genu, ale nemusí být známa jeho přesná nukleotidová sekvence, nebo dosud nejsou charakterizovány jeho mutace zodpovědné za vznik onemocnění

• využívá vazebné analýzy pomocí signálních znaků DNA (DNA markerů)
• markery - polymorfismy DNA, které jsou lokalizovány v těsném sousedství nebo uvnitř sledovaného genu a s vlastním onemocněním nesouvisejí
  • RFLP – detekce PCR
  • VNTR (Variable number of tandem repeats) – variabilní minisatelitní sekvence – detekce pomocí Southern blotting
  • DNA fingerprinting – při analýze RFLP – použijeme sondu zaměřenou na minisatelitní DNA – vysoký stupeň polymorfismu restrikčních fragmentů v lidské populaci

Mikrosatelity (SSRs – Single Sequence repeats)

• 1. diagnostika na úrovni analýzy DNA
• vychází z rodové studie, při které jsou použity markery vázané s genem, jehož mutace způsobují onemocnění v rodině
• tyto markery jsou spolu se sledovaným genem přenášeny z rodičů na potomky

Cílem:

1. rozlišit chromosomy rodičů, z nichž jeden může přenášet mutovaný gen
   • najít polymorfismus, který je ve vazbě se sledovaným genem, a pro který je rodič heterozygot
2. zjistit, která z alel markeru segreguje s mutovanou alelou
3. pomocí markerů zjistit, který chromosom byl přenesen na probanda
   • lze-li jednoznačně na základě vyšetřování stanovit, který fragment zdědil postižený jedinec od kterého rodiče = rodina informativní
   • u neinformativní rodiny je nutné použít jinou restrikční endonukleasu

• musí být vyšetřeny vzorky DNA co největšího počtu členů rodiny – vyšetření musí být nejméně 2 postižení v rodině a další příbuzní včetně zdravých partnerů
• jen tak je možné sledovat segregaci chromosomů se zvoleným polymorfismem DNA a mutací ve sledovaném genu
• pak je možné určit, zda osoby v riziku zdědily mutantní či normální alelu s vysokou pravděpodobností, která je závislá na síle vazby mezi markerem a sledovaným genem
• vazebná studie - nemůžeme opomenout možnost rekombinace mezi sledovaným genem a markerem – vhodné použít intragenový marker, kde je pravděpodobnost rekombinace minimální
• velikost chyby v diagnóze v důsledku rekombinace může být značně zredukována tím, že jsou použity 2 markery lokalizované na opačných koncích sledovaného genu – vzniklou rekombinaci lze pomocí nich zjistit a vyloučit falešnou predikci
• metoda je rychlá a spolehlivá
• markery vázané se sledovaným genem, zjištěné u matky a otce, nejsou vždy odlišné (tj. jedinec je pro ně homozygotní) a vyšetření potom není informativní
• provedení nepřímé DNA diagnostiky je závislé na dostupnosti DNA rodičů a dalších příbuzných probanda

RFLP

• polymorfismus v délce restrikčních fragmentů
• záměna nt vedoucí k RFLP nemusí být vždy základem pro vznik onemocnění
• většinou je to neutrální změna bez funkčních následků
• mutace, které způsobí onemocnění se dědí mendelovským způsobem

Odkazy

Zdroj

• ŠTEFÁNEK, Jiří. Medicína, nemoci, studium na 1. LF UK [online]. [cit. 11. 2. 2010]. <https://www.stefajir.cz/>.

			Článek neobsahuje vše, co by měl.
			Můžete se přidat k jeho autorům a doplnit jej.
			O vhodných změnách se lze poradit v diskusi.