Soubor:Dna-SNP.svg
Z WikiSkript
Velikost tohoto PNG náhledu tohoto SVG souboru: 520 × 333 pixelů. Jiná rozlišení: 320 × 205 pixelů | 640 × 410 pixelů | 1 024 × 656 pixelů | 1 280 × 820 pixelů | 2 560 × 1 639 pixelů.
Plná velikost (soubor SVG, nominální rozměr: 520 × 333 pixelů, velikost souboru: 1,15 MB)
Tento soubor pochází z Wikimedia Commons a mohou ho používat ostatní projekty.
Níže jsou zobrazeny informace, které obsahuje jeho tamější stránka s popisem souboru.
Popis
PopisDna-SNP.svg |
English: A Single Nucleotide Polymorphism is a change of a nucleotide at a single base-pair location on DNA. Created using OpenSCAD v2021.01 and Inkscape v1.0.2. |
Datum | |
Zdroj | Vlastní dílo |
Autor | David Eccles (Gringer) |
Construction process
This file was derived from a 3D model of DNA, converted to SVG and coloured using David Eccles' STL2SVG script:
type=orig; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30 > out_${type}.svg type=mut; ~/scripts/stl2svg.pl ./DNA_linear_complete_helix1.stl:330 ./DNA_linear_complete_helix2.stl:200 ./DNA_linear_complete_${type}_A.stl:140 ./DNA_linear_complete_${type}_C.stl:250 ./DNA_linear_complete_${type}_G.stl:90 ./DNA_linear_complete_${type}_T.stl:30 > out_${type}.svg
The DNA models were then combined and annotated using Inkscape. The DNA backbone for the model is a pentagon extruded over a sine wave using David Eccles' guided path extrude script. The model source file (in OpenSCAD format) is shown below:
use <guided_extrude.scad>; hl = 100; // helix length hp = 33.2; // helix pitch [in angstroms] hr = 10; // helix radius [in angstroms] bbr = 1.5; // backbone radius loops = hl / hp; // random bases //bases = rands(0, 4, ceil(360 * loops / 34.3),1); // *GRINGENE* -- TAA GGN MGN ATH AAY GGN GAR AAY GAR TGA // -- TAA GGC AGG ATC AAC GGC GAG AAC GAG TGA // A = 0; G = 1; C = 2; T = 3 // [different from my usual order, // to simplify the 3D model logic] bases = [3,3,3, 1,1,2, 0,1,1, 0,3,2, 0,0,2, 1,1,2, 1,0,1, 0,0,2, 1,0,1, 3,1,0]; bAng = atan2(sin(120) - sin(0), cos(120) - cos(0)); drawMode = "all"; module lineTo(x1, x2){ hull(){ translate(x1) sphere(r=0.25, $fn=5); translate(x2) sphere(r=0.25, $fn=5); } } backbone_profile = [for(th = [0:72:359]) [bbr*cos(th), bbr*sin(th)*1]]; inc = floor($t * 30); thf = ($t * 30) - inc; h1limit = (360 * loops); h1jump = (360 * loops); helix_1 = [for(th = [(thf*34.3):(34.3/2):h1jump]) [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * th / (360 * loops)]]; helix_2 = [for(th = [120:(34.3/2):(360 * loops+120)]) [hr * cos(th), hr * sin(th), hl * (th-120) / (360 * loops)]]; module purine(){ linear_extrude(height=0.75, center=true){ // average hydrogen bond length in water: 1.97 A // https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Structural_details translate([-0.985,0]) // scale: average of C-C and C=C bond length scale(1.435) translate([-2,0]) rotate(12) rotate(18){ rotate(-30) translate([1,0]) circle(r=1, $fn=6); color("blue") rotate(36) translate([-1 / (2*sin(36)),0]) circle(r=1 / (2*sin(36)), $fn=5); } } } module pyrimidine(){ linear_extrude(height=0.75, center=true){ // average hydrogen bond length in water: 1.97 A // https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_bond#Structural_details translate([-0.985,0]) scale(1.435) translate([-2, 0]) translate([1,0]) circle(r=1, $fn=6); } } $vpt = [0, 0, 0]; //$vpr = [310, 105, 10]; $vpr = [0, 0, 0]; rotate([310, 105, 130]) translate([0,0,-hl/2]) { if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_1); if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") mapExtrude("vertCylinder", backbone_profile, helix_2); for(thb = [inc:(360 * loops / 34.3 + inc)]) { thi = thb-inc; th = (thi-thf) * 34.3; thisBase = bases[floor(thb%30)]; doPur = (thisBase < 2); // base bond has a -1.2° angle; // not quite sure how to implement that baseFrac = (doPur ? 0.55 : 0.45); baseFInv = 1 - baseFrac; translate([0,0,hl * th / (360 * loops)]) rotate([-1.2,0,0]){ if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") lineTo([hr * cos(th)*(baseFrac-0.15) + hr * cos(th+120) * (baseFrac+0.15), hr * sin(th)*(baseFrac-0.15) + hr * sin(th+120) * (baseFrac+0.15)], [hr * cos(th+120), hr * sin(th+120)]); if(th < (h1jump)) if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") lineTo([hr * cos(th), hr * sin(th)], [hr * cos(th)*(baseFrac+0.15) + hr * cos(th+120) * (baseFrac-0.15), hr * sin(th)*(baseFrac+0.15) + hr * sin(th+120) * (baseFrac-0.15)]); if(drawMode == "all" || (drawMode == "A" && thisBase == 0) || (drawMode == "G" && thisBase == 1) || (drawMode == "C" && thisBase == 2) || (drawMode == "T" && thisBase == 3) ) color((thisBase < 1) ? "green" : (thisBase < 2) ? "gold" : (thisBase < 3) ? "blue" : "red") translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv, hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv]) rotate(180 + bAng + th) if(doPur) { purine(); } else { pyrimidine(); }; if(drawMode == "all" || (drawMode == "A" && thisBase == 3) || (drawMode == "G" && thisBase == 2) || (drawMode == "C" && thisBase == 1) || (drawMode == "T" && thisBase == 0) ) if(th < (h1jump)) color((thisBase < 1) ? "red" : (thisBase < 2) ? "blue" : (thisBase < 3) ? "gold" : "green") translate([hr * cos(th)*baseFrac + hr * cos(th+120) * baseFInv, hr * sin(th)*baseFrac + hr * sin(th+120) * baseFInv]) rotate(bAng+th) if(doPur) { pyrimidine(); } else { purine(); }; } } if(drawMode == "all" || drawMode == "helix1") color("lightblue") { translate(helix_1[len(helix_1)-1]) sphere(r=bbr, $fn=5); translate(helix_1[0]) sphere(r=bbr, $fn=5); } if(drawMode == "all" || drawMode == "helix2") color("pink") { translate(helix_2[0]) sphere(r=bbr, $fn=5); translate(helix_2[len(helix_2)-1]) sphere(r=bbr, $fn=5); } }
Licence
Já, držitel autorských práv k tomuto dílu, ho tímto zveřejňuji za podmínek následujících licencí:
Tento dokument smí být kopírován, šířen nebo upravován podle podmínek Svobodné licence GNU pro dokumenty verze 1.2 nebo libovolné vyšší verze publikované nadací Free Software Foundation. Dokument nemá neměnné části ani texty na předním či zadním přebalu. Kopie textu licence je k dispozici v oddíle nazvaném GNU Free Documentation License.http://www.gnu.org/copyleft/fdl.htmlGFDLGNU Free Documentation Licensetruetrue |
Tento soubor podléhá licenci Creative Commons Uveďte autora 4.0 International.
Uveďte autora: SNP model by David Eccles (gringer)
- Dílo smíte:
- šířit – kopírovat, distribuovat a sdělovat veřejnosti
- upravovat – pozměňovat, doplňovat, využívat celé nebo částečně v jiných dílech
- Za těchto podmínek:
- uveďte autora – Máte povinnost uvést autorství, poskytnout odkaz na licenci a uvést, pokud jste provedli změny. Toho můžete docílit jakýmkoli rozumným způsobem, avšak ne způsobem naznačujícím, že by poskytovatel licence schvaloval nebo podporoval vás nebo vaše užití díla.
Můžete si zvolit libovolnou z těchto licencí.
Položky vyobrazené v tomto souboru
zobrazuje
Nějaká hodnota bez položky na Wikidatech
18. 12. 2014
image/svg+xml
Historie souboru
Kliknutím na datum a čas zobrazíte příslušnou verzi souboru.
Datum a čas | Náhled | Rozměry | Uživatel | Shrnutí | |
---|---|---|---|---|---|
aktuální | 8. 5. 2021, 15:07 | 520 × 333 (1,15 MB) | wikimediacommons>Gringer | Update to slightly more accurate 3D model, showing base rings |
Využití souboru
Tento soubor používají následující 2 stránky:
Metadata
Tento soubor obsahuje dodatečné informace, poskytnuté zřejmě digitálním fotoaparátem nebo scannerem, kterým byl pořízen. Pokud byl soubor od té doby změněn, některé údaje mohou být neplatné.
Šířka | 520 |
---|---|
Výška | 332.93881 |
Citováno z „https://www.wikiskripta.eu/w/Soubor:Dna-SNP.svg“