Fyzikální metody genového mapování

Z WikiSkript

Metody s nízkým stupněm rozlišení[✎ upravit | ☲ editovat zdroj]

Hybridomová technika[✎ upravit | ☲ editovat zdroj]

  • Základem bylo vytvoření husté sítě marker-genů v genomu.
  • Hybridomové techniky jsou založené na hybridizaci 2 druhů buněk (člověk – myš) v tkáňové kultuře.
  • Za vhodných podmínek vzniká buněčný hybrid, který postupující řadou dělení postupně náhodně ztrácí chromosomy lidského původu.
  • Po určitém počtu dělení dojde ke stabilizaci, kdy buňky mají karyotyp z chromosomů hlodavce a několika chromosomů lidských.
  • Zjišťujeme pomocí panelu klonovaných buněk; na kterých zjišťujeme přítomnost vhodného znaku, který je specifický pro lidské buňky.
  • Při pozitivním výskytu znaku se provede cytogenetická analýza. Ta zjistí, které chromosomy člověka jsou v klonu přítomny.
  • Gen podmiňující danou vlastnost je tedy lokalizován na určitý chromosom porovnáním přítomnosti (nepřítomnosti) znaku a přítomnosti (nepřítomnosti) určitého chromosomu na panelu buněk.
  • Využívá se též k lokalizaci genu na určitém chromosomu.

FISH metoda (Fluorescence in Situ Hybridizace)[✎ upravit | ☲ editovat zdroj]

  • Jedná se o lokalizaci genů pomocí technik hybridizace DNA.
  • Využívá se vhodně označená sonda + preparát chromosomů:
    • proběhne denaturace DNA chromosomů v preparátu + „obarvení“ fluorescenčně značenou sondou, která se specificky fixuje na denaturovanou DNA chromosomů; **místo její lokalizace prokážeme mikroskopicky.

Metody s vysokým stupněm rozlišení[✎ upravit | ☲ editovat zdroj]

  • Cíl: získání map jednotlivých chromosomů, které jsou představovány pořadím bazí jednotlivých nukleotidů.
  • Využívají často materiál genomových a chromosomově specifických knihoven.
  • ORF (Opening Reading Frame), používá se k vyhodnocování kódujících sekvencí = metoda otevření čtecích rámečků.
    • Principem je prohledávání databáze sekvenčních údajů na přítomnost stop-kodonů, které jsou od sebe dostatečně vzdáleny.
  • Poziční klonování, využívá informace o lokalizaci genu na určité pozici některého chromosomu.
    • Pátrání po funkčním genu je pak lokalizováno na omezenou část DNA v okolí této pozice.


Odkazy[✎ upravit | ☲ editovat zdroj]

Zdroj[✎ upravit | ☲ editovat zdroj]