Fyzikální metody genového mapování

Metody s nízkým stupněm rozlišení[upravit | editovat zdroj]

Základem bylo vytvoření husté sítě marker-genů v genomu.
Hybridomové techniky jsou založené na hybridizaci 2 druhů buněk (člověk – myš) v tkáňové kultuře.
Za vhodných podmínek vzniká buněčný hybrid, který postupující řadou dělení postupně náhodně ztrácí chromosomy lidského původu.
Po určitém počtu dělení dojde ke stabilizaci, kdy buňky mají karyotyp z chromosomů hlodavce a několika chromosomů lidských.
Zjišťujeme pomocí panelu klonovaných buněk; na kterých zjišťujeme přítomnost vhodného znaku, který je specifický pro lidské buňky.
Při pozitivním výskytu znaku se provede cytogenetická analýza. Ta zjistí, které chromosomy člověka jsou v klonu přítomny.
Gen podmiňující danou vlastnost je tedy lokalizován na určitý chromosom porovnáním přítomnosti (nepřítomnosti) znaku a přítomnosti (nepřítomnosti) určitého chromosomu na panelu buněk.
Využívá se též k lokalizaci genu na určitém chromosomu.

Jedná se o lokalizaci genů pomocí technik hybridizace DNA.
Využívá se vhodně označená sonda + preparát chromosomů:
- proběhne denaturace DNA chromosomů v preparátu + „obarvení“ fluorescenčně značenou sondou, která se specificky fixuje na denaturovanou DNA chromosomů; **místo její lokalizace prokážeme mikroskopicky.

Cíl: získání map jednotlivých chromosomů, které jsou představovány pořadím bazí jednotlivých nukleotidů.
Využívají často materiál genomových a chromosomově specifických knihoven.
ORF (Opening Reading Frame), používá se k vyhodnocování kódujících sekvencí = metoda otevření čtecích rámečků.
- Principem je prohledávání databáze sekvenčních údajů na přítomnost stop-kodonů, které jsou od sebe dostatečně vzdáleny.
Poziční klonování, využívá informace o lokalizaci genu na určité pozici některého chromosomu.
- Pátrání po funkčním genu je pak lokalizováno na omezenou část DNA v okolí této pozice.

ŠTEFÁNEK, Jiří. Medicína, nemoci, studium na 1. LF UK [online]. [cit. 2009]. <https://www.stefajir.cz/>.