Portál:Otázky z biochemie (1. LF UK, VL)

I. Základy fyzikální, bioanorganické a bioorganické chemie

1. Chemická vazba (kovalentní a koordinačně kovalentní), iontová vazba, slabé interakce a hydrofobní exkluze a jejich vlastnosti.
2. Voda a její fyzikální a chemické vlastnosti, význam v organismu.
3. Disperzní soustavy - rozdělení, příklady z biochemie. Rozpustnost látek.
4. Difuse, osmosa, osmotický a onkotický tlak, dialysa, příklady z biochemie.
5. Energetika chemických reakcí, Gibbsova energie a entropie, aplikace na metabolické děje.
6. Chemická rovnováha, Guldbergův-Waagův zákon. Kinetika a energetika vratných reakcí, aplikace v enzymologii.
7. Základní metody pro separaci makromolekul (elektroforéza, chromatografie, hmotnostní spektrometrie) a jejich využití v klinické praxi.
8. Spektrofotometrie, princip a využití v klinické biochemii.
9. Elektrolytická disociace, disociační konstanta, silné a slabé elektrolyty, příklady z biochemie.
10. Brönstedova teorie kyselin a zásad, rovnováha v protolytických reakcích, příklady z biochemie. Iontový součin vody, pH a jeho význam v medicíně.
11. Amfolyty, jejich vlastnosti, příklady z biochemie.
12. Pufry, výpočet pH, význam v organismu.
13. oxidace a redukce, rovnováha v redoxních reakcích, oxidoredukční potenciál, závislost na koncentraci složek reakce (Nernstova rovnice). Příklady z biochemie.
14. Srážecí reakce, součin rozpustnosti, tvorba komplexu, koordinační sloučeniny, příklady. Význam v biochemii a medicíně.
15. Chemické vlastnosti makrobiogenních prvků (C, H, O, N, P, Na, K, Ca, Mg, S, Cl).
16. Kyslík a jeho anorganické sloučeniny, reaktivita, vlastnosti.
17. Příklady mechanismů působení toxikologicky významných prvků a anorganických sloučenin (např. těžké kovy, chlór, CO, kyanidy).
18. Biologický a metabolický význam mikrobiogenních a stopových prvků (Fe, Zn, Cu, I, Se, Co, Mn).
19. Struktura organických sloučenin, typy izomerií, příklady.
20. Aminy a nitroderiváty uhlovodíků, příklady a význam v biochemii.
21. Halogen deriváty a sirné deriváty (thioly, sulfonové kyseliny) uhlovodíků. příklady a význam v biochemii a medicíně.
22. Alkoholy, fenoly, aldehydy a ketony, uplatnění v metabolismu.
23. Karboxylové kyseliny, funkční a substituční deriváty karboxylových kyselin, uplatnění v biochemii.
24. Příklady biochemicky významných heterocyklů (např. pyrimidin, pyridin, pyrrol, purin, furan, pyran, indol, thiofen), jejich význam, vlastnosti, biochemický význam heteroatomu v cyklu.
25. Strukturní charakteristiky aminokyselin, dělení, reakce, význam.
26. Peptidy, peptidová vazba, příklady biologicky významných peptidů.
27. Bílkoviny, struktura primární, sekundární, terciární, kvartérní. Suprasekundární struktury, proteinové domény. Poruchy sbalování proteinů. Vlastnosti a funkce bílkovin
28. Sacharidy, rozdělení, struktura, stereochemie, biologický význam
29. Reakce a deriváty monosacharidů, disacharidy, O- a N- glykosidová vazba, příklady.
30. Homopolysacharidy a heteropolysacharidy, struktura, výskyt a význam v organismu.
31. Proteoglykany, glykoproteiny, struktura, vlastnosti, příklady
32. Lipidy - klasifikace, struktura, vlastnosti, biologický význam.
33. Mastné kyseliny - klasifikace, struktura, vlastnosti, biologický význam.
34. Fosfolipidy a sfingolipidy, struktura, vlastnosti, biologický význam
35. Steroly, žlučové kyseliny a steroidní hormony, struktura, funkce a význam v organismu.

II. Základy metabolismu

1. Struktura enzymu (kofaktory, koenzymy, oligomerní struktura); mnohočetné enzymové formy a isoenzymy. Využití enzymologie v medicíně
2. Enzymová aktivita, fyzikálně chemické vlivy, regulace (exprese, allosterické vlivy, kovalentní modifikace). Enzymová aktivita a její měření
3. Dýchací řetězec. Oxidativní fosforylace.
4. Tzv. „makroergní“ sloučeniny, fosforylace na substrátové úrovni, pohon endergonních reakcí
5. Citrátový cyklus, amfibolický charakter, průběh, regulace
6. Obecné mechanismy přeměny aminokyselin, deaminace, transaminace, dusíková bilance
7. Koenzymy oxidoredukčních, karboxylačních a dekarboxylačních reakcí
8. Tvorba amoniaku, jeho detoxikace, ureosyntetický cyklus a jeho regulace, hyperamonémie
9. Metabolismus aminokyselin skupiny pyruvátu a oxalacetátu, zapojení těchto aminokyselin do metabolických procesů
10. Metabolismus uhlíkového skeletu aminokyselin skupiny 2-oxoglutarátu, sukcinyl-CoA , s rozvětveným řetězcem, zapojení aminokyselin do metabolických procesů
11. Metabolismus aromatických aminokyselin, poruchy
12. Metabolismus sirných aminokyselin
13. Biosyntéza, biodegradace a funkce nejdůležitějších biogenních aminů
14. Konverze aminokyselin do specializovaných produktů. Kreatin. S-adenosylmethionin
15. Glykolýza, regulace
16. Glukoneogeneze, regulace
17. Syntéza a degradace glykogenu, regulace, poruchy
18. Pentózový cyklus, regulace
19. Metabolismus galaktózy, poruchy, Metabolismus fruktózy, poruchy
20. Metabolismus kyseliny glukuronové a její význam v organismu
21. Biosyntéza mastných kyselin
22. Tvorba ketolátek z acetyl-CoA, metabolické příčiny, význam
23. Oxidace mastných kyselin, energetický výtěžek, karnitinový systém
24. Triacylglyceroly, biosyntéza, degradace
25. Biosyntéza a odbourávání fosfolipidů a sfingolipidů
26. Syntéza a degradace eikosanoidů, cyklooxygenázová a lipoxygenázová cesta
27. Biosyntéza cholesterolu a její regulace, úloha HMG-CoA reduktázy, transport endogenního a exogenního cholesterolu
28. Přeměna a vylučování cholesterolu, žlučové kyseliny
29. Biosyntéza a degradace steroidních hormonů
30. Transport lipidů, úlohy lipoproteinů, struktura lipoproteinové částice (vznik, přeměna a úloha chylomiker, VLDL, LDL a HDL lipoproteinů). Elektroforéza lipoproteinů
31. Biosyntéza a degradace tetrapyrrolů - hemu, poruchy biosyntézy, poruchy degradace
32. Významné proteiny krevní plazmy, význam v organismu (albumin, Ig, komplement, proteiny akutní fáze, transportní proteiny)
33. Metabolismus pyrimidinových nukleotidů, regulace, inhibitory, poruchy
34. Metabolismus purinových nukleotidů, regulace, inhibitory, poruchy

III. Základy biochemie orgánu a funkcí

1. Regulace a koordinace metabolismu sacharidů a ostatních živin
2. Glykémie, regulace, diagnostika (oGTT, glykovaný hemoglobin)
3. Metabolismus tukové tkáně
4. Regulace biosyntézy hemu, rozdíly mezi hepatocytem a erythroidní buňkou, metabolismus železa
5. Hormonální regulace vodního a minerálního metabolismu
6. Hormonální regulace energetického metabolismu
7. Biochemické pochody při trávení živin
8. Biochemické funkce hepatocytu a jater, možnosti biochemické diagnostiky poškození hepatocytu a jaterních funkcí
9. Biotransformace endogenních a exogenních látek, typy biotransformačních procesů, toxické a kancerogenní látky v životním prostředí
10. Pufrové systémy organismu, funkce a význam pro acidobazickou rovnováhu
11. Metabolismus erytrocytů
12. Hemokoagulace, kaskáda koagulačních faktorů, úloha trombocytu
13. Moč – fyziologické a patologické součásti.
14. Kolagen – struktura, vlastnosti, metabolismus.
15. Biochemie pojiva (chrupavka, kost)
16. Biochemie kůže. Biochemický výklad hmatu.
17. Kontraktilní aparát, řízení kontrakce hladké a kosterní svaloviny
18. Markery poškození svalové tkáně, význam, stanovení
19. Biochemie vidění, Waldův cyklus, transducinový cyklus
20. Biochemie smyslů (sluch, chuť, čich)
21. Biochemie nervových synapsí; neurotransmitery.
22. Katecholaminy - biosynthesa, biodegradace
23. Steroidní hormony
24. Peptidové hormony a jejich funkce v endokrinních regulačních dějích
25. Lokální mediátory, cytokiny
26. Hormony štítné žlázy a jejich funkce v regulačních dějích
27. Molekulární základy humorální imunitní odpovědi – Struktura a funkce jednotlivých částí imunoglobulinů, třídy imunoglobulinů. Molekulární podstata diverzity imunoglobulinů
28. Molekulární základy buněčné imunity – Rozpoznání patogenu, efektorové mechanismy, MHC molekuly, struktura a funkce, mechanismus prezentace antigenů T_C a T_H lymfocytům.
29. Základní imunochemické metody. Imunoturbidimetrie, ELISA, RIA
30. Vitaminy rozpustné v tucích
31. Vitaminy rozpustné ve vodě
32. Struktura, složení a vlastnosti buněčných membrán
33. Transport látek přes membrány
34. Kompartmentace biochemických procesů na úrovni buňky

IV. Základy buněčné a molekulární biologie

1. Základní principy buněčné signalizace
2. Membránové receptory a jejich ligandy, G-proteiny
3. Typy a úloha druhých poslů v přenosu signálu
4. Signálně transdukční kaskády cytokinů a růstových faktorů
5. Aktivace fosfolipas a signalizace využívající deriváty lipidů
6. Signalizace NO, Přehled signálních cest a význam
7. Intracelulární receptory a jejich ligandy, heat-shock protein, interakce intracelulárních receptorů s DNA
8. Amplifikace, integrace a vzájemná komunikace („cross-talk“) signálních drah
9. Struktura nukleových kyselin
10. Organizace prokaryontního, eukaryontního a mitochondriálního genomu
11. Struktura lidského genomu. Techniky sekvenování DNA. Projekty sekvenování lidského genomu
12. Replikace eukaryontní DNA, replikační aparát a jeho regulace
13. Reparace DNA
14. Transkripce eukaryontní genomové DNA Struktura mRNA, posttranskripční úpravy. Metabolismus RNA. Transkripční faktory, vazba DNA-protein
15. Metabolismus RNA a RNA interference
16. Regulace genové exprese na úrovni transkripce
17. Genetický kód a jeho vlastnosti
18. Eukaryontní, prokaryontní a mitochondriální translace a její regulace
19. Regulace translace
20. Posttranslační úpravy proteinu.Třídění a transport proteinu, úpravy a třídění proteinu v Golgiho aparátu. Biosyntéza glykoproteinů
21. Vezikulární transport. Endocytóza a exocytóza
22. Restrikční enzymy a jejich využití, úpravy DNA a konstrukce rekombinantních molekul. Klonování DNA
23. DNA diagnostika, techniky (RFLP, hybridizace)
24. Metody frakcionace buňky, elektroforéza nukleových kyselin a proteinu
25. Polymerasová řetězová reakce, uplatnění PCR v klinické diagnostice, RT-PCR a využití této techniky, techniky sekvenování DNA
26. Povaha genových mutací, mutace dědičné a získané, polymorfismy, mini- a mikrosatelitové markery, metody detekce
27. DNA a RNA viry, replikace
28. Úloha protoonkogenu a tumor supresorových genů
29. Buněčný cyklus, úloha komplexu cyklinu a cdks
30. Regulace buněčného cyklu, úloha tumor supresorových genů
31. Ubikvitinace a proteasomální degradace proteinu
32. Biochemie apoptosy
33. Epigenetika a její význam, Modifikace histonů, Metylace DNA, význam